之后北京保卫战，于少保将留守的二十六卫和京营中的部队混在了一起，之后除了锦衣卫和宣宗设的四卫还保持纯洁之外，其余二十一卫都和京营混在了一起。
之后，文官们就乘机将这混了的二十一卫弄过去了，虽然还是保留了名目，但在行政、人事、薪饷等方面受制于文官。
皇帝直接控制的也就只剩下了锦衣卫，和腾骧左卫、腾骧右卫、武骧左卫、武骧右卫这四卫了，之后这四卫就交给了御马监，成了四卫营。
都说京营、亲军卫烂，里面都是些蛀虫。其实还真怪不了他们，想要做事没机会，文官不让，就算将京营和亲军卫训练成了精锐，也是无事可干。朝廷给的那些勋庄俸禄，又撑不住一大家子的开销，除了去吃空额，还真没办法。
文官对于这些武勋、功勋家族的自暴自弃，当然是喜闻乐见的，对于他们吃空饷的事，都装作看不见，不知道。就让他们这样烂下去，文官的兵权才能更稳固。
现在朱由检要干的，就是重新启用这些武勋、功勋家族，将文官的兵权收到军机参议阁中，在参议阁中安排这些武勋、功勋。不过掌权的代价，就是必须将他们手中掌控的军队交出来。不过朱由检相信那些功勋会做出和武勋一样的选择的。
不过这参议阁，最开始还不能全是武勋、功勋。直接从文官手中拿兵权交给武勋，阻力太大了。就算朱由检现在掌控了朝堂，也不能指望那些文官能配合。
所以这军机参议阁中，朱由检还是要安排一些文官进去，让文官的反弹不至于太大，后面朱由检还准备添设几个文官出身的参议大臣，将文官安抚下去。
在军机参议阁中，让那些文官和武勋们斗，朱由检再拉拉偏架，多给这些武勋立功的机会。花上几年时间将文官变成武勋，或者清除出去。
不过朱由检还给文官们留了个军费预算司和职方司在那，有这两个部门在，文官就能掌控军费和考评，凭这两个职权，也能大大牵制军机阁。只是之后领兵之事，就再也插手不上了。
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